1、流域水質(zhì)保護規(guī)劃應(yīng)在污染負(fù)荷調(diào)查的基礎(chǔ)上，進行流域內(nèi)干支流及湖泊、水庫的水質(zhì)現(xiàn)狀評價；預(yù)測實施流域綜合治理方案后的水質(zhì)；提出水質(zhì)保護專門措施及重點河流（河段）水質(zhì)保護實施意見。

2、流域水體污染負(fù)荷調(diào)查，應(yīng)在分析水質(zhì)監(jiān)測歷史資料的基礎(chǔ)上，著重查明重要污染源的分布、水污染物類型及其數(shù)量、排放規(guī)律、造成的危害等；對流域水體污染負(fù)荷的預(yù)測，應(yīng)結(jié)合考慮不同水平年的經(jīng)濟發(fā)展和可能采取的治理措施進行分析。

3、流域現(xiàn)狀水質(zhì)評價應(yīng)明確各河流（河段）的水質(zhì)等級、主要生化指標(biāo)及水質(zhì)在年內(nèi)的周期變化規(guī)律。

4、流域水質(zhì)保護規(guī)劃應(yīng)以保護水源地的地表水、地下水水體和防治主要城鎮(zhèn)河段岸邊污染帶為重點，研究水體功能，區(qū)分重點保護區(qū)與重點治理區(qū)，擬定相應(yīng)的水質(zhì)保護目標(biāo)，根據(jù)規(guī)劃水平年的規(guī)劃供水量及污染預(yù)測，結(jié)合水體環(huán)境容量和稀釋自凈特性，實行污染物排放總量控制，擬定綜合防治措施意見，并對主要污染源提出治理要求。

流域水質(zhì)保護規(guī)劃應(yīng)干支流、上下游統(tǒng)一考慮，相互協(xié)調(diào)。

5、對流域綜合治理方案中將較大改變水的天然時空分配的工程，應(yīng)初步分析其對水質(zhì)的有利與不利影響，提出消除和緩解不利影響的措施意見。